Pwnc 4.11 — Genomeg a Data Meddygaeth Fanwl

Data genomig yw'r data mwyaf personol, mwyaf parhaol a mwyaf teuluol y bydd eich sefydliad byth yn ei ddal, felly mae'r ffordd rydych yn ei storio, ei ddehongli, ei gael â chaniatâd a'i ddychwelyd yn benderfyniad diogelwch clinigol, tegwch ac ymddiriedaeth y cyhoedd gydol oes — nid pryder swyddfa gefn labordy.

Pam mae hyn yn bwysig ym maes iechyd a gofal#

Nid canlyniad prawf sy'n dod i ben yw genom. Pan fyddwch yn dilyniannu DNA person rydych yn cynhyrchu cofnod sy'n parhau'n berthnasol yn glinigol am eu hoes gyfan, a rennir yn rhannol â'u rhieni, plant a brodyr a chwiorydd, ac y gellir ei ailddehongli flynyddoedd yn ddiweddarach wrth i wybodaeth ddatblygu. Gall amrywiad sy'n ymddangos yn ddiystyr heddiw, ddegawd o nawr, egluro canser, fflagio cyffur a fydd yn eu niweidio, neu ddatgelu risg y mae eu perthnasau heb eu profi hefyd yn ei chario. Mae'r data'n goroesi'r bennod o ofal, y system TG a'i daliodd gyntaf, ac yn aml y clinigydd a'i harchebodd.

Mae'r parhauster hwnnw'n newid polion pob penderfyniad data cyffredin. Nid mater o ddal rhif tan yr apwyntiad nesaf yw storio; mae'n ddalfa ased gydol oes y mae'n rhaid iddo barhau'n ddarllenadwy ac yn ail-ddadansoddadwy am ddegawdau. Nid tic un-tro ar ffurflen gais yw caniatâd; rhaid iddo ragweld defnyddiau a chanfyddiadau na all clinigydd na chlaf eu rhagweld yn llawn. Nid yw rheoli mynediad ond yn ymwneud â'r claf hwn, oherwydd bod genom yn ymwneud â phobl na ddaethant erioed i'ch clinig ac na gytunasant i ddim.

Mae data genomig a meddygaeth fanwl hefyd yn cario baich tegwch neilltuol. Daw'r rhan fwyaf o genomau cyfeirio ac ymchwil y byd o bobl o dras Ewropeaidd, felly gall dehongli amrywiad sy'n hyderus ar gyfer un boblogaeth fod yn ansicr neu'n anghywir ar gyfer un arall — tuedd wedi'i phobi i'r data na all unrhyw faint o fwriad da wrth erchwyn y gwely ei chywiro (gweler Pwnc 1.9 — Cynhwysiant Digidol a Hygyrchedd). Ac oherwydd bod genomau'n adnabod yn unigryw, mae'n amhosibl eu gwneud yn ddienw'n wirioneddol; nid yw'r addewid "tynnwyd eich enw" yn dal ar gyfer dilyniant sy'n eich enw chi. Os cewch ffyrdd o weithio'n anghywir nid dim ond cofnod rydych yn ei ollwng — rydych yn erydu'r ymddiriedaeth gyhoeddus y mae holl fenter meddygaeth genomig yn dibynnu arni (gweler Pwnc 1.8 — Moeseg Data, Caniatâd ac Ymddiriedaeth y Cyhoedd).

Cysyniadau craidd#

Genomeg yw astudio set gyflawn DNA organeb — ei genom — gan gynnwys sut mae genynnau'n gweithredu, yn amrywio ac yn rhyngweithio, yn wahanol i eneteg, sy'n astudio genynnau unigol yn glasurol. Meddygaeth fanwl (a elwir yn aml yn feddygaeth bersonol) yw'r arfer o deilwra atal, diagnosis a thriniaeth i nodweddion unigol pob claf — yn aml eu proffil genomig — yn hytrach na chymhwyso un protocol cyfartalog i bawb. Genomeg yw un o brif beiriannau meddygaeth fanwl, ond nid yw'r ddau yn gyfystyr: mae manwl hefyd yn tynnu ar ddata moleciwlaidd, delweddu a ffordd o fyw arall.

Mae dilyniannu genom cyfan (WGS) yn darllen y genom tair biliwn pâr bas i gyd i bob pwrpas, mewn cyferbyniad â phaneli wedi'u targedu (llond llaw o enynnau) neu ddilyniannu ecsom cyfan (y gyfran sy'n codio protein). WGS yw'r opsiwn trymaf o ran data: mae un genom a ddilyniannir yn cynhyrchu tua chan gigabeit o ddata crai a phrosesedig, felly mae rhaglen genedlaethol yn mesur ei storio mewn petabeitiau a'i chyfrifiadura mewn miloedd o oriau prosesydd. Y raddfa yw'r peth cyntaf sy'n gwneud data genomig yn broblem beirianneg neilltuol, nid dim ond ffrwd labordy arall.

Troi dilyniant crai'n ystyr glinigol yw gwaith biowybodeg — y piblinellau cyfrifiadurol sy'n alinio darlleniadau, galw amrywiadau, hidlo, anodi a'u blaenoriaethu i wyddonydd dynol eu dehongli. Mae'r piblinellau hynny'n dibynnu ar genom cyfeirio, cydosodiad safonol y cymharir dilyniant unigolyn yn ei erbyn; mae dewis a fersiwn y cyfeirnod hwnnw, a'r cronfeydd data a ddefnyddir i anodi amrywiadau, yn effeithio'n sylweddol ar yr ateb. Felly nid ffaith grai yw canlyniad genomig ond allbwn proses wedi'i fersiynu, sy'n dibynnu ar dystiolaeth ac y mae'n rhaid iddi fod yn atgynhyrchadwy ac yn archwiliadwy flynyddoedd yn ddiweddarach.

Ffarmacogenomeg yw cangen meddygaeth fanwl sy'n ymwneud â sut mae genom person yn effeithio ar eu hymateb i feddyginiaethau — pa gyffuriau fydd yn gweithio, pa rai na fyddant, a pha rai sy'n peri risg niwed ar ddosau safonol. O'i ddarparu'n dda, mae'n rhoi rhybudd a arweinir gan genoteip ar y pwynt rhagnodi fel bod clinigydd yn osgoi cyffur na all y claf ei fetaboleiddio'n ddiogel (gweler Pwnc 4.8 — Rhagnodi Electronig a Rheoli Meddyginiaethau). Mae dwy nodwedd bellach yn diffinio'r math o ddata: canfyddiadau meddygol damweiniol — darganfyddiadau arwyddocaol yn glinigol nad ydynt yn gysylltiedig â'r rheswm yr archebwyd y prawf, fel genyn rhagdueddiad canser annisgwyl — ac ail-adnabod data, y ffaith bod genom mor nodedig fel y gellir ei baru'n ôl ag unigolyn hyd yn oed pan dynnir enwau, a dyna pam mae dienwi cyffredin yn methu.

Yn Lloegr cyflwynir hyn drwy Wasanaeth Meddygaeth Genomig y GIG, sy'n comisiynu rhwydwaith cenedlaethol o Hybiau Labordy Genomig rhanbarthol, a thrwy Genomics England, y cwmni dan berchnogaeth y llywodraeth a redodd y Prosiect 100,000 o Genomau ac sydd bellach yn curadu'r Llyfrgell Ymchwil Genomig Genedlaethol — adnodd ymchwil rheoledig a adeiladwyd ar ganiatâd cyfranogwyr. Daw safonau gan gyrff gan gynnwys HL7 Fast Healthcare Interoperability Resources (FHIR), y mae ei waith Genomeg yn gadael i ganlyniadau symud rhwng labordy a chofnod, a'r Global Alliance for Genomics and Health (GA4GH), sy'n gosod safonau rhyngwladol ar gyfer rhannu data genomig yn gyfrifol. Yn sail i'r cyfan mae preifatrwydd genetig — yr egwyddor, ac yn gynyddol y gyfraith, bod person yn rheoli mynediad at ei wybodaeth enetig ei hun a'i goblygiadau teuluol.

Arferion gorau#

1. Trinwch ganiatâd fel perthynas barhaol, ddeinamig, nid llofnod. Oherwydd y bydd data genomig yn cael ei ail-ddadansoddi ac y gallai ddatgelu canfyddiadau na ragwelodd neb, ni all ffurflen ganiatâd un-tro gario'r pwysau. Mabwysiadwch ganiatâd haenog neu ddeinamig sy'n cofnodi, ar lefel fanwl, yr hyn y cytunodd y person iddo — defnydd clinigol, defnydd ymchwil, ail-gysylltu am ganfyddiadau newydd, rhannu teuluol — ac yn gadael iddynt ailystyried y dewisiadau hynny dros amser. Modelwch y cynsail 100,000 o Genomau, lle cytunodd cyfranogwyr yn benodol i'w data dad-adnabyddedig ymuno â llyfrgell ymchwil, a gwnewch statws caniatâd yn briodoledd o'r radd flaenaf, y gellir ei holi o'r cofnod yn hytrach na PDF wedi'i sganio na all unrhyw system weithredu arno (gweler Pwnc 1.8 — Moeseg Data, Caniatâd ac Ymddiriedaeth y Cyhoedd).

2. Peiriannwch ar gyfer dalfa gydol oes ac ail-ddadansoddi, nid adrodd un-tro. Dyluniwch storio a metadata ar y dybiaeth y bydd y genom hwn yn cael ei ailddehongli ymhen deg ac ugain mlynedd gan bobl a phiblinellau nad ydynt yn bodoli eto. Cadwch nid yn unig yr adroddiad terfynol ond y mewnbynnau wedi'u fersiynu — adeiladwaith genom cyfeirio, fersiwn piblinell, fersiynau cronfa ddata anodi — fel y gellir atgynhyrchu canlyniad a gall ail-ddadansoddi ddweud beth a newidiodd. Cynlluniwch yr economeg storio'n onest: graddfa petabeit, wedi'i haenu fel bod dilyniant archif oer yn rhad i'w ddal ond yn adferadwy, â fformatau a dynodwyr a ddewiswyd ar gyfer hirhoedledd dros gyfleustra cyflenwr (gweler Pwnc 4.0 — Pensaernïaeth Dechnegol, y Cwmwl a Systemau Etifeddol).

3. Gwnewch y biblinell biowybodeg yn atgynhyrchadwy, wedi'i dilysu ac o dan reoli fersiynau. Allbwn meddalwedd yw canlyniad genomig, felly offeryn clinigol yw'r feddalwedd a rhaid ei llywodraethu felly. Rhowch y biblinell dan reoli fersiynau, dilyswch hi yn erbyn safonau cyfeirio a setiau data gwirionedd hysbys, a chofnodwch ar gyfer pob adroddiad yn union pa biblinell a chronfeydd data a'i cynhyrchodd. Pan fyddwch yn uwchraddio adeiladwaith cyfeirio neu ffynhonnell anodi, trinwch ef fel newid â goblygiadau diogelwch clinigol, oherwydd gall yr un data crai gynhyrchu galwad wahanol o dan fersiwn wahanol (gweler Pwnc 1.6 — Diogelwch Clinigol a Rheoli Risg).

4. Dychwelwch ganlyniadau i'r EPR fel data strwythuredig, gweithredadwy — nid PDF. Dim ond pan fydd y clinigydd cywir yn ei weld ar yr adeg gywir y mae canfyddiad genomig yn cyflwyno gwerth, sy'n golygu bod yn rhaid iddo gyrraedd y cofnod cleifion electronig ar ffurf gyfrifadwy, seiliedig ar safonau. Defnyddiwch HL7 FHIR Genomics a therminolegau cydnabyddedig fel bod amrywiad, ei ddehongliad a'i argymhelliad clinigol yn ddata arwahanol y gall y cofnod weithredu arno, yn hytrach nag adroddiad wedi'i gloi mewn dogfen na all neb ei holi (gweler Pwnc 4.6 — Cofnodion Cleifion Electronig a Systemau Clinigol, a Phwnc 4.3 — Rhyngweithredu a Safonau Data). Dyluniwch ar gyfer y gynffon hir hefyd: rhaid i ganlyniad a ffeilir heddiw barhau'n ddarganfyddadwy ac yn ddehongladwy pan ddaw'n berthnasol flynyddoedd yn ddiweddarach.

5. Darparwch ffarmacogenomeg ar y pwynt rhagnodi, nid mewn llythyr wedi'i ffeilio. Mae genoteip sy'n rhagfynegi ymateb peryglus i gyffur yn ddiwerth os yw'n eistedd mewn adroddiad tra bo'r rhagnodwr yn ysgrifennu'r presgripsiwn yn anymwybodol. Integrwch ganlyniadau ffarmacogenomig i'r system rhagnodi electronig fel bod rhybudd a arweinir gan genoteip yn tanio pan archebir cyffur perthnasol, â chanllawiau clir, nad ydynt yn achosi blinder, y gall rhagnodwr weithredu arnynt (gweler Pwnc 4.8 — Rhagnodi Electronig a Rheoli Meddyginiaethau, a Phwnc 4.7 — Cymorth Penderfyniadau Clinigol a Gwybodeg Glinigol). Gan fod y genoteip yn gydol oes, dyluniwch y rhybudd i barhau ar draws lleoliadau a phenodau, fel bod canlyniad a gynhyrchwyd mewn oncoleg yn diogelu'r claf flynyddoedd yn ddiweddarach mewn gofal sylfaenol.

6. Cynlluniwch ar gyfer canfyddiadau damweiniol ac eilaidd cyn i chi ddilyniannu, nid ar ôl. Bydd dilyniannu genom cyfan weithiau'n datgelu rhywbeth pwysig yn glinigol ac yn gwbl anghysylltiedig â'r rheswm dros y prawf, felly penderfynwch ymlaen llaw beth rydych yn chwilio amdano, beth rydych yn ei adrodd, a sut y dewisodd y claf gael gwybod. Aliniwch bolisi â dewisiadau caniatâd y person, darparwch y llwybr cwnsela genetig i gyflwyno canfyddiad annisgwyl difrifol yn drugarog, a gwnewch yn siŵr bod y llif gwaith gweithredol — pwy sy'n cysylltu â phwy, a phryd — yn bodoli mewn gwirionedd. Byrfyfyrio hyn ar ôl i ganfyddiad ddod i'r wyneb yw sut mae cleifion yn cael eu niweidio gan newyddion da a drinnir yn wael.

7. Wynebwch duedd data cyfeirio fel mater diogelwch a thegwch. Pan fo'r cronfeydd data cyfeirio ac amrywiad yn tangynrychioli poblogaeth, mae dehongli ar gyfer pobl o'r dras honno'n llai sicr ac yn fwy tueddol i wallau — gall amrywiad o arwyddocâd ansicr i un grŵp fod yn ddiniwed yn hyderus i un arall dim ond oherwydd bod y data'n bodoli. Tracwch amrywiaeth tras y setiau data y mae eich dehongli'n dibynnu arnynt, byddwch yn eglur wrth glinigwyr ble mae hyder yn is, a chefnogwch ymdrechion i adeiladu data cyfeirio mwy cynrychioliadol yn hytrach na thrin llinell sylfaen sy'n canolbwyntio ar Ewrop fel un gyffredinol (gweler Pwnc 1.9 — Cynhwysiant Digidol a Hygyrchedd). Nid dyhead meddal yw tegwch yma; mae cyfeirnod anghynrychioliadol yn cynhyrchu gofal gwaeth y gellir ei fesur.

8. Llywodraethwch ddata genomig fel un teuluol, y gellir ei ail-adnabod a'r mwyaf sensitif yn unigryw. Ni ellir dienwi genom yn wirioneddol ac mae'n ymwneud â pherthnasau gwaed na chaniataodd, felly nid yw rhagosodiadau llywodraethiant gwybodaeth cyffredin yn ddigon. Cymhwyswch reolaethau mynediad cryf, cyfyngu dibenion ac archwiliadwyedd llawn; cyfeiriwch fynediad ymchwil drwy amgylcheddau data diogel lle caiff data ei ddadansoddi yn ei le yn hytrach na'i gopïo allan (gweler Pwnc 4.10 — Amgylcheddau Data Diogel a Mynediad at Ddata Ymchwil); a gweithiwch drwy'r cwestiynau teuluol — pryd y gellir hysbysu perthnasau o risg a rennir, a sut — gyda'ch Gwarcheidwad Caldicott a chymorth moeseg glinigol (gweler Pwnc 1.7 — Llywodraethiant Gwybodaeth, Diogelu Data a Seiberddiogelwch). Mabwysiadwch safonau GA4GH ar gyfer unrhyw ddata a rennir ar draws ffiniau sefydliadol neu genedlaethol fel bod rhannu cyfrifol wedi'i adeiladu i mewn, nid ei ychwanegu ar y funud olaf.

Cwestiynau i'w trafod gyda'ch tîm#

1. Beth mae "caniatâd" yn ei olygu mewn gwirionedd ar gyfer data y byddwn yn ei ail-ddadansoddi am weddill oes claf — ac a all ein systemau weithredu ar y dewisiadau a wnaeth pobl? Mae hyn yn bwysig oherwydd bod rhaid i'r caniatâd genomig y mae claf yn ei roi heddiw lywodraethu defnyddiau a chanfyddiadau na all y naill na'r llall ohonoch eu rhagweld, ac nid yw ffurflen wedi'i sganio'n rhywbeth y gall system ragnodi neu biblinell ymchwil ei orfodi. Dadleuwch a yw eich model caniatâd yn ddeinamig yn wirioneddol — a all claf newid ei feddwl ynghylch ail-gysylltu neu ddefnydd ymchwil, ac a yw'r newid hwnnw'n lledaenu i bob system sy'n dibynnu arno? Codwch y tensiwn rhwng caniatâd eang, sy'n galluogi ymchwil a budd yn y dyfodol, a chaniatâd penodol, sy'n parchu ymreolaeth ond a all rewi data allan o ddefnyddiau a fyddai'n helpu'r claf ac eraill. Ystyriwch y cynsail 100,000 o Genomau a'r Llyfrgell Ymchwil Genomig Genedlaethol, lle roedd caniatâd penodol, haenog yn sail i ymddiriedaeth y cyhoedd mewn adnodd ymchwil. Mae ateb da, gonest yn cyfaddef ble mae caniatâd heddiw'n ddogfen na ellir ei holi yn hytrach nag yn briodoledd byw, ac yn ymrwymo i wneud statws caniatâd yn rhywbeth y gall systemau ei ddarllen a'i barchu, nid dim ond rhywbeth y mae cabinet ffeilio yn ei ddal.

2. Pan fydd dilyniannu genom cyfan yn datgelu rhywbeth nad oeddem yn chwilio amdano, beth fyddwn ni'n ei wneud — ac a ydym wedi adeiladu'r llwybr cyn i'r canfyddiad gyrraedd? Nid achosion ymylol yw canfyddiadau damweiniol ac eilaidd; ar raddfa genom maent yn gategori rhagweladwy o ganlyniad, a daw'r niwed o'u trin heb gynllun. Trafodwch beth fydd eich sefydliad yn chwilio amdano ac yn ei adrodd yn weithredol, sut mae hynny'n cyd-fynd â'r hyn y cytunodd pob claf i'w glywed, a phwy sy'n atebol am gyflwyno canfyddiad annisgwyl difrifol — genyn rhagdueddiad canser, dyweder — â'r cwnsela genetig y mae'n ei fynnu. Archwiliwch y realiti gweithredol: a yw'r llif gwaith i gysylltu â chlaf, cynnig cwnsela, ac ystyried perthnasau heb eu profi'n bodoli mewn gwirionedd ac â chapasiti, neu ai paragraff polisi heb dîm y tu ôl iddo? Ystyriwch y dimensiwn teuluol, lle mae'r canfyddiad yn ymwneud â pherthnasau nad ydynt yn gleifion i chi ac na chaniataodd erioed. Mae ateb da yn enwi'r polisi adrodd, yn ei glymu wrth ganiatâd, ac yn cadarnhau bod llwybr cwnsela ac ail-gysylltu wedi'i adnoddi yn bodoli yn hytrach na thybio y bydd clinigwyr yn byrfyfyrio'n drugarog dan bwysau.

3. Genomau pwy sy'n sail i'n dehongliadau — a ble mae'r duedd honno'n gwneud ein canlyniadau'n llai diogel i rai o'n poblogaeth? Dim ond cystal â'r cronfeydd data cyfeirio ac amrywiad y tu ôl iddo yw dehongli genomig, a chan fod y rheini'n cael eu dominyddu gan bobl o dras Ewropeaidd, mae hyder yn is yn systematig i grwpiau eraill — bwlch tegwch wedi'i guddio y tu mewn i'r hyn sy'n edrych fel gwyddoniaeth wrthrychol. Dadleuwch a yw eich timau hyd yn oed yn gwybod cyfansoddiad tras y setiau data y mae eu piblinellau'n dibynnu arnynt, ac a ddywedir wrth glinigwyr pan fo canlyniad yn llai sicr oherwydd bod y data sylfaenol yn denau ar gyfer cefndir y claf hwnnw. Codwch y cyfnewidiad rhwng gweithredu ar y dystiolaeth orau sydd ar gael a bod yn onest bod "y gorau sydd ar gael" yn fwy dibynadwy i rai cleifion nag eraill. Ystyriwch beth all eich sefydliad ei wneud — o arferion data lleol i gefnogi ymdrechion cenedlaethol am ddata cyfeirio mwy cynrychioliadol — yn hytrach na thrin llinell sylfaen wyrgam fel ffaith ddigyfnewid natur. Mae ateb da yn gwrthod trin tuedd cyfeirio fel problem rhywun arall, yn gwneud yr ansicrwydd yn weladwy ar y pwynt gofal, ac yn enwi camau concrid tuag at ddata mwy cynrychioliadol.

4. Pan fyddwn yn ail-redeg genom ymhen deng mlynedd, a fyddwn yn gallu atgynhyrchu canlyniad heddiw ac egluro beth a newidiodd — ac a allwn fforddio dal y data o hyd? Allbwn meddalwedd wedi'i fersiynu sy'n rhedeg yn erbyn data cyfeirio ac anodi wedi'i fersiynu yw canlyniad genomig, felly nid nodwedd bonws yw ail-ddadansoddi ond holl bwynt dal y dilyniant am oes. Trafodwch a yw eich piblinellau'n cofnodi, ar gyfer pob adroddiad, yr adeiladwaith cyfeirio, fersiwn y biblinell a fersiynau cronfa ddata anodi a'i cynhyrchodd, oherwydd heb y tarddiad hwnnw ni all ail-ddadansoddi wahaniaethu rhwng newid gwirioneddol mewn gwybodaeth a newid tawel mewn meddalwedd. Codwch y realiti storio y tu ôl i'r addewid: dilyniant graddfa petabeit y mae'n rhaid iddo aros yn ddarllenadwy ac yn adferadwy am ddegawdau, ar fformatau a dynodwyr nad ydych am gael eich cloi iddynt, am gost y mae'n rhaid i rywun barhau i'w hariannu ymhell ar ôl y bennod gofal wreiddiol. Archwiliwch y tensiwn rhwng dileu i arbed arian a chadw i wasanaethu dyfodol y claf, a rhwng fformatau cyfleus i gyflenwyr heddiw a hirhoedledd yfory. Mae ateb da yn trin y biblinell fel offeryn clinigol sy'n cael ei lywodraethu a'i roi dan reoli fersiynau, yn cynllunio economeg storio haenog yn onest yn hytrach na thybio cyllideb eleni, a gall bwyntio at achos go iawn a atgynhyrchwyd neu a ail-ddadansoddwyd yn hytrach na gallu damcaniaethol.

5. A yw genoteip sy'n rhagfynegi niwed yn cyrraedd sgrin y rhagnodwr ar yr eiliad y mae'n rhagnodi — neu a yw'n eistedd mewn adroddiad wedi'i ffeilio? Dim ond os yw'n tanio fel rhybudd pan archebir cyffur perthnasol y mae canlyniad ffarmacogenomig yn amddiffyn claf, o bosibl flynyddoedd yn ddiweddarach ac mewn gwasanaeth gwahanol i'r un a'u dilyniannodd, felly'r integreiddio rhwng canlyniad y labordy a'r system rhagnodi electronig yw lle caiff gwerth clinigol ei ennill neu ei golli. Dadleuwch a yw eich canlyniadau genomig yn dychwelyd i'r cofnod fel data arwahanol, cyfrifadwy gan ddefnyddio HL7 FHIR Genomics a therminolegau cydnabyddedig, neu fel dogfennau na wêl neb ond clinigydd sy'n mynd i chwilio. Wynebwch y cyfnewidiad blinder rhybuddion yn uniongyrchol: caiff rhybudd sy'n tanio'n rhy aml neu heb ganllawiau clir, gweithredadwy ei ddiystyru, felly nid dim ond a yw'r rhybudd yn bodoli yw'r cwestiwn dylunio ond a yw rhagnodwyr yn ymddiried ynddo ac yn gweithredu arno. Ystyriwch y gofyniad gydol oes, traws-leoliad — rhaid i enoteip a ganfuwyd mewn oncoleg barhau i amddiffyn y claf mewn gofal sylfaenol — y mae'r rhan fwyaf o ddyluniadau dychwelyd canlyniadau'n ei anwybyddu'n dawel. Gall ateb da olrhain y llwybr o amrywiad a alwyd i benderfyniad rhagnodwr, mae'n enwi pwy sy'n berchen ar yr integreiddio hwnnw, ac yn cyfaddef ble mae canlyniadau'n dal i gyrraedd fel PDFs na ellir eu defnyddio.

6. Mae genom yn ymwneud â pherthnasau na ddaethant erioed i'n clinig — sut rydym yn llywodraethu data sy'n deuluol ac yn amhosibl ei ddienwi'n wirioneddol? Oherwydd bod dilyniant yn adnabod yn unigryw ac yn cael ei rannu'n rhannol â rhieni, plant a brodyr a chwiorydd person, nid yw rhagosodiadau llywodraethiant gwybodaeth cyffredin a adeiladwyd ar gyfer cofnodion pennodol, y gellir eu dienwi'n dal, ac mae "tynnwyd yr enw" yn sicrwydd ffug ar gyfer data sydd ei hun yn ddynodydd. Trafodwch sut mae eich rheolaethau mynediad, cyfyngu dibenion ac archwilio'n gweithio mewn gwirionedd ar gyfer data genomig, ac a yw mynediad ymchwil yn dadansoddi genomau yn eu lle drwy amgylchedd data diogel yn hytrach na'u copïo allan lle collir rheolaeth (gweler Pwnc 4.10 — Amgylcheddau Data Diogel a Mynediad at Ddata Ymchwil). Gweithiwch drwy'r cwestiwn teuluol gwirioneddol galed: pan fydd canfyddiad yn datgelu risg ddifrifol, weithredadwy y mae perthnasau claf heb eu profi hefyd yn ei chario, pwy a ganiateir i gael gwybod, ar ba sail, a chyda chymeradwyaeth foesegol pwy. Codwch y tensiwn rhwng buddiant perthynas mewn gwybod a rheolaeth y claf dros ei wybodaeth ei hun, a'r realiti bod angen i'ch Gwarcheidwad Caldicott a chymorth moeseg glinigol fod wedi setlo hyn cyn i achos orfodi'r mater. Mae ateb da yn llywodraethu data genomig fel un y gellir ei ail-adnabod ac yn deuluol yn ddiofyn, yn cyfeirio rhannu drwy safonau GA4GH ac amgylcheddau diogel, a gall ddisgrifio'r llwybr datgelu teuluol yn hytrach na gobeithio na fydd y sefyllfa byth yn codi.

Yn ymarferol: enghraifft iechyd a gofal#

Mae Hyb Labordy Genomig Kingsbridge a Vale yn gwasanaethu system gofal integredig ranbarthol ac yn prosesu dilyniannu genom cyfan a phanel ar gyfer cleifion clefyd prin a chanser ar draws sawl ymddiriedolaeth. Yn hanesyddol roedd ei adroddiadau'n cyrraedd fel llythyrau PDF wedi'u ffeilio i gofnod cleifion electronig pob ymddiriedolaeth — yn ddarllenadwy gan glinigydd a aeth i chwilio, yn anweledig i unrhyw system a allai weithredu arnynt. Pan ragnodwyd cyffur cardiaidd cyffredin i glaf mewn gofal sylfaenol ddwy flynedd ar ôl prawf dilyniannu ysbyty, ni welodd neb yr adroddiad wedi'i ffeilio a ddangosai eu bod yn fetabolydd gwael, a dioddefodd y claf adwaith niweidiol y gellid bod wedi'i osgoi. Trinodd y bwrdd y digwyddiad a fu bron â digwydd fel yr hyn ydoedd: methiant llif data, nid un clinigol.

Cynullodd yr hyb, ei ICS a'r ymddiriedolaethau grŵp gwybodeg genomeg â chyfarwyddwr y labordy, ymgynghorydd geneteg glinigol, y prif swyddog gwybodaeth glinigol, fferyllydd, a'r Gwarcheidwad Caldicott. Eu penderfyniad cyntaf oedd rhoi'r gorau i gludo PDFs. Gan weithio gyda chyflenwyr EPR a rhagnodi electronig yr ymddiriedolaethau, symudasant i ddychwelyd canlyniadau fel data strwythuredig gan ddefnyddio HL7 FHIR Genomics, fel bod amrywiad, ei ddehongliad a'i argymhelliad ffarmacogenomig gweithredadwy yn dod yn feysydd arwahanol, cyfrifadwy. Mae'r genoteip metabolydd gwael bellach yn eistedd yn y cofnod fel data, ac mae rhybudd yn tanio wrth ragnodi ble bynnag yn yr ICS y gwelir y claf hwnnw'n ddiweddarach.

Yna aeth y grŵp i'r afael â chaniatâd a storio. Disodlasant y ffurflen ganiatâd wedi'i sganio â chofnod caniatâd strwythuredig a oedd yn cipio, yn fanwl, a gytunodd pob claf i ddefnydd ymchwil drwy'r Llyfrgell Ymchwil Genomig Genedlaethol, i ail-gysylltu os dôi canfyddiadau newydd i'r amlwg, ac i rannu teuluol — a gwneud y statws hwnnw'n holadwy, fel y gallai piblinell ail-ddadansoddi ei wirio cyn gweithredu. Symudwyd dilyniant crai i storfa petabeit haenog a gadwai'r adeiladwaith cyfeirio a fersiwn y biblinell ar gyfer pob achos, fel y gellid atgynhyrchu neu ail-ddadansoddi unrhyw ganlyniad wrth i wybodaeth ddatblygu. Cyfeiriwyd mynediad ymchwil drwy amgylchedd data diogel yr ICS, gan ddadansoddi genomau yn eu lle yn hytrach na'u hallforio.

Roedd dau beth yn fwriadol anodd. Mynnodd y genetegydd fod polisi canfyddiadau damweiniol yn cael ei gytuno a'i adnoddi cyn graddio WGS: rhestr ddiffiniedig o'r hyn a adroddid, wedi'i halinio â chaniatâd pob claf, â llwybr cwnsela genetig â chapasiti go iawn. Ac fe wnaeth y grŵp logio, yn onest, fod dehongli amrywiad yn llai sicr ar gyfer poblogaethau De Asiaidd a Du sylweddol yr ICS oherwydd bod data cyfeirio'n deneuach — felly dechreuodd adroddiadau fflagio'r hyder is hwnnw'n benodol, ac fe gefnogodd yr ICS ymdrech ranbarthol i arallgyfeirio data cyfeirio. Flwyddyn yn ddiweddarach, nid teclyn oedd y fuddugoliaeth ond disgyblaeth: canlyniadau genomig sy'n llifo, yn parhau, yn parchu caniatâd, ac yn cyfaddef eu cyfyngiadau eu hunain.

Golwg drwy wahanol sectorau#

Busnes newydd#

Mae busnes newydd genomeg neu feddygaeth fanwl — gwasanaeth dilyniannu, offeryn dehongli amrywiad, neu gynnyrch cymorth penderfyniadau ffarmacogenomeg — yn byw neu'n marw ar ymddiriedaeth a mabwysiadu safonau. Adeiladwch i HL7 FHIR Genomics a GA4GH o'r datganiad cyntaf, oherwydd na fydd Hyb Labordy Genomig neu ymddiriedolaeth y GIG yn integreiddio cynnyrch sy'n siarad fformat perchnogol yn unig, ac mae ôl-osod safonau'n ddiweddarach yn gostus. Byddwch yn ddiflewyn-ar-dafod o glir ynghylch caniatâd, preswyliaeth data a risg ail-adnabod, gan y gall un camdrafod o ddata genomig sy'n sensitif yn unigryw ddod â hygrededd cwmni ifanc i ben dros nos. Nid cywirdeb algorithmig yn unig yw eich gwahaniaethwr ond piblinell amddiffynadwy, archwiliadwy, atgynhyrchadwy a chyfrif gonest o ble mae eich dehongli'n llai sicr — gan gynnwys ar gyfer poblogaethau a gynrychiolir yn llai.

Busnes bach#

Mae darparwr bach sefydledig — practis meddyg teulu, fferyllfa gymunedol, clinig un safle neu gyflenwr diagnosteg bach — yn llawer amlach yn ddefnyddiwr canlyniadau genomig nag yn gynhyrchydd ohonynt, a'i her yw gweithredu ar ddata na wnaeth ei gynhyrchu heb fawr ddim gallu gwybodeg pwrpasol. Y flaenoriaeth ymarferol yw bod canfyddiadau ffarmacogenomig a genomig eraill yn cyrraedd y system glinigol fel data strwythuredig, gweithredadwy sy'n tanio rhybudd defnyddiadwy wrth ragnodi, oherwydd na all tîm bach wylio â llaw am adroddiadau wedi'u ffeilio fel y gall hyb. Mynnwch fod cyflenwyr yn dosbarthu canlyniadau drwy HL7 FHIR Genomics yn hytrach na PDFs nad oes gennych gapasiti i'w dehongli neu eu hail-gofnodi, a phwyswch ar yr Hyb Labordy Genomig rhanbarthol a llwybrau cwnsela cenedlaethol ar gyfer dehongli a chymorth canfyddiadau damweiniol yn hytrach na cheisio adeiladu'r arbenigedd hwnnw'n fewnol. Mae'r dyletswyddau llywodraethiant gwybodaeth ynghylch data teuluol, y gellir ei ail-adnabod yn dal i fod yn berthnasol yn llawn hyd yn oed ag un arweinydd llywodraethiant gwybodaeth rhan-amser, felly gwnewch statws caniatâd yn weladwy yn eich cofnod a chyfeiriwch unrhyw ymholiad na allwch ei ddatrys at eich trefniadau Gwarcheidwad Caldicott yn hytrach na byrfyfyrio.

Menter fawr#

Mae ymddiriedolaeth fawr y GIG, Hyb Labordy Genomig neu gwmni fferyllol yn gweithredu ar y raddfa lle mae storio, trwybwn dehongli ac integreiddio EPR yn dod yn gyfyngiadau rhwymol. Y blaenoriaethau realistig yw dychwelyd canlyniadau'n strwythuredig i systemau clinigol, piblinell biowybodeg wedi'i dilysu a than reoli fersiynau, storio petabeit haenog wedi'i ddylunio ar gyfer degawdau o ail-ddadansoddi, a rhybuddion ffarmacogenomig wedi'u gwifro i ragnodi electronig (gweler Pwnc 4.6 — Cofnodion Cleifion Electronig a Systemau Clinigol). Rhaid i lywodraethiant rychwantu'r labordy, y gwasanaethau clinigol sy'n gweithredu ar ganlyniadau, a'r swyddogaeth llywodraethiant gwybodaeth sy'n berchen ar gwestiynau teuluol a chaniatâd. Ar y raddfa hon methiannau integreiddio yw'r methiannau mwyaf — canlyniadau sy'n cyrraedd fel dogfennau na ellir eu defnyddio — felly buddsoddwch mewn rhyngweithredu a chaniatâd-fel-data cyn mynd ar drywydd cyfaint dilyniannu.

Llywodraeth#

Mae corff cenedlaethol — Gwasanaeth Meddygaeth Genomig GIG Lloegr, Genomics England, neu gyfatebol datganoledig — yn llunio'r system gyfan drwy gomisiynu, safonau a seilwaith a rennir. Ei ddylanwad yw gorchymyn fformatau canlyniadau rhyngweithredol, ariannu'r seilwaith data cyfeirio ac ymchwil na allai unrhyw ymddiriedolaeth unigol ei adeiladu, rhedeg y model caniatâd ac ymgysylltu cyhoeddus sy'n cynnal cyfreithlondeb, a stiwardio llyfrgell ymchwil genedlaethol ar ganiatâd penodol cyfranogwyr (gweler Pwnc 9.2 — Iechyd Digidol Byd-eang a Rhyngwladol). Mae'r llywodraeth yn cario'r ddyletswydd tegwch yn drymaf: dim ond gweithredu ar raddfa genedlaethol all arallgyfeirio setiau data cyfeirio'n ystyrlon fel bod meddygaeth genomig yn gweithio i'r boblogaeth gyfan, nid dim ond ei rhannau a gynrychiolir orau. Mae hefyd yn dal y setliad ymddiriedaeth y cyhoedd — gall un toriad proffil uchel neu sgandal caniatâd osod y rhaglen genedlaethol yn ôl am flynyddoedd, felly mae tryloywder a llywodraethiant cryf yn anghenion strategol, nid gorbenion.

Ffyrdd cyffredin o fethu#

• Y canlyniad PDF na all unrhyw system ei ddarllen. Mae canfyddiad genomig a ffeilir fel dogfen yn anweledig i systemau rhagnodi a chymorth penderfyniadau, felly mae gwybodaeth sy'n achub bywydau yn eistedd heb ei defnyddio nes bod niwed yn digwydd. Dychwelwch ganlyniadau fel data strwythuredig, seiliedig ar safonau.
• Caniatâd fel ffurflen wedi'i sganio. Os yw dewisiadau caniatâd wedi'u dal mewn delwedd na ellir ei holi, ni all unrhyw biblinell na chlinigydd eu hanrhydeddu, ac mae ail-ddadansoddi ac ymchwil naill ai'n aros yn eu hunfan neu'n gor-gyrraedd. Gwnewch ganiatâd yn briodoledd fyw, fanwl, y gellir ei holi.
• Dilyniannu heb lwybr canfyddiadau damweiniol. Mae graddio WGS cyn penderfynu beth i'w adrodd ac adeiladu llwybr cwnsela wedi'i adnoddi yn troi canfyddiadau rhagweladwy'n argyfyngau a drinnir drwy fyrfyfyrio.
• Piblinell na allwch ei hatgynhyrchu. Os na fyddwch yn cofnodi'r adeiladwaith cyfeirio, fersiwn y biblinell a'r cronfeydd data anodi, ni allwch atgynhyrchu canlyniad na deall pam y newidiodd ail-ddadansoddi ef — bwlch diogelwch clinigol wedi'i guddio fel manylyn technegol.
• Theatr dienwi. Mae trin genom fel un dienwadwy yn anwybyddu ei fod yn adnabod yn unigryw; mae "tynnwyd yr enw" yn sicrwydd ffug. Llywodraethwch ar gyfer ail-adnabyddadwyedd a dadansoddwch mewn amgylcheddau diogel.
• Cyfeirnod sy'n canolbwyntio ar Ewrop yn cael ei drin fel un cyffredinol. Mae dehongli genom pawb yn erbyn data anghynrychioliadol yn cynhyrchu gofal gwaeth, yn dawel, i grwpiau a gynrychiolir yn llai. Tracwch amrywiaeth, fflagiwch hyder is, a chefnogwch ddata gwell.
• Storio wedi'i gynllunio ar gyfer blwyddyn, nid oes. Mae data genomig sy'n dod yn annarllenadwy neu'n anfforddiadwy i'w gadw yn siomi'r claf ddegawdau'n ddiweddarach pan fo'n bwysig o'r diwedd. Cynlluniwch ddalfa haenog, wydn, ddegawdau o hyd.

Model aeddfedrwydd#

Rhestr wirio#

• Caiff caniatâd genomig ei gipio'n fanwl (defnydd clinigol, ymchwil, ail-gysylltu, rhannu teuluol) a'i storio fel priodoledd holadwy y gall systemau weithredu arni.
• Mae canlyniadau'n dychwelyd i'r EPR fel data strwythuredig, seiliedig ar safonau (HL7 FHIR Genomics), nid PDFs.
• Mae canlyniadau ffarmacogenomig yn sbarduno rhybuddion a arweinir gan genoteip ar y pwynt rhagnodi, gan barhau ar draws lleoliadau.
• Mae'r biblinell biowybodeg dan reoli fersiynau ac wedi'i dilysu, ac mae pob adroddiad yn cofnodi ei adeiladwaith cyfeirio, fersiwn piblinell a chronfeydd data anodi.
• Mae storio'n haenog, yn wydn ac wedi'i feintio ar gyfer degawdau o ail-ddadansoddi, â tharddiad wedi'i gadw ar gyfer atgynhyrchadwyedd.
• Mae polisi canfyddiadau damweiniol ac eilaidd wedi'i gytuno, wedi'i alinio â chaniatâd, ac â llwybr cwnsela genetig wedi'i adnoddi y tu ôl iddo.
• Tracir amrywiaeth tras setiau data dehongli, a fflagir hyder is i glinigwyr ar y pwynt gofal.
• Llywodraethir data genomig fel un y gellir ei ail-adnabod ac yn deuluol: rheolaethau mynediad cryf, archwilio llawn, a mynediad ymchwil drwy amgylcheddau data diogel.
• Gweithir drwy gwestiynau datgelu teuluol gyda'r Gwarcheidwad Caldicott a chymorth moeseg glinigol.
• Mae rhannu data ar draws ffiniau yn dilyn safonau GA4GH.

Prif ffynonellau#

• NHS England — NHS Genomic Medicine Service and the national network of Genomic Laboratory Hubs; commissioning and the National Genomic Test Directory.
• Genomics England — 100,000 Genomes Project and the National Genomic Research Library, including its consent and participant-engagement model.
• Global Alliance for Genomics and Health (GA4GH) — international standards and frameworks for responsible genomic data sharing.
• HL7 — FHIR Genomics implementation guidance for exchanging genomic results with clinical systems.
• Topol Review — Preparing the healthcare workforce to deliver the digital future (genomics as a driver of digital transformation).
• Caldicott principles — information-governance principles for the use of confidential health and care data.
• NICE — Evidence Standards Framework for Digital Health Technologies for evaluating genomics and precision-medicine tools.

Cyfeiriadau#

1. Genomics — Wikipedia — https://en.wikipedia.org/wiki/Genomics
2. Personalized medicine — Wikipedia — https://en.wikipedia.org/wiki/Personalized_medicine
3. Whole genome sequencing — Wikipedia — https://en.wikipedia.org/wiki/Whole_genome_sequencing
4. Bioinformatics — Wikipedia — https://en.wikipedia.org/wiki/Bioinformatics
5. Reference genome — Wikipedia — https://en.wikipedia.org/wiki/Reference_genome
6. Pharmacogenomics — Wikipedia — https://en.wikipedia.org/wiki/Pharmacogenomics
7. Incidental medical findings — Wikipedia — https://en.wikipedia.org/wiki/Incidental_medical_findings
8. Data re-identification — Wikipedia — https://en.wikipedia.org/wiki/Data_re-identification
9. Genomics England — Wikipedia — https://en.wikipedia.org/wiki/Genomics_England
10. 100,000 Genomes Project — Wikipedia — https://en.wikipedia.org/wiki/100,000_Genomes_Project
11. Fast Healthcare Interoperability Resources — Wikipedia — https://en.wikipedia.org/wiki/Fast_Healthcare_Interoperability_Resources
12. Global Alliance for Genomics and Health — Wikipedia — https://en.wikipedia.org/wiki/Global_Alliance_for_Genomics_and_Health
13. Genetic privacy — Wikipedia — https://en.wikipedia.org/wiki/Genetic_privacy
14. NHS England — NHS Genomic Medicine Service — NHS England — https://www.england.nhs.uk/genomics/
15. Genomics England — 100,000 Genomes Project and the National Genomic Research Library — Genomics England — https://www.genomicsengland.co.uk/
16. Global Alliance for Genomics and Health — Standards and frameworks for genomic data sharing — GA4GH — https://www.ga4gh.org/
17. HL7 International — FHIR Genomics implementation guidance — HL7 — https://www.hl7.org/fhir/genomics.html
18. Health Education England / NHS — The Topol Review: Preparing the healthcare workforce to deliver the digital future — NHS — https://topol.hee.nhs.uk/