Viðfangsefni 4.11 — Erfðamengisgögn og gögn fyrir nákvæmnislækningar

Erfðamengisgögn eru persónulegustu, endingarbestu og fjölskyldutengdustu gögn sem skipulagsheild þín mun nokkru sinni halda, svo hvernig þú geymir, túlkar, aflar samþykkis fyrir og skilar þeim er ævilöng ákvörðun um klínískt öryggi, jafnræði og almannatraust — ekki rannsóknarstofubakvinnsluverk.

Hvers vegna þetta skiptir máli í heilbrigðis- og velferðarþjónustu#

Erfðamengi er ekki prófniðurstaða sem rennur út. Þegar þú raðgreinir DNA manneskju myndar þú skrá sem er klínískt viðeigandi alla ævi hennar, er að hluta sameiginleg foreldrum hennar, börnum og systkinum og má endurtúlka árum síðar eftir því sem þekking fleygir fram. Afbrigði sem lítur merkingarlaust út í dag kann, áratug héðan í frá, að skýra krabbamein, flagga lyf sem mun skaða hana eða afhjúpa áhættu sem óprófaðir ættingjar hennar bera líka. Gögnin lifa lengur en umönnunartilvikið, upplýsingakerfið sem fyrst hélt þau og oft klínískan starfsmanninn sem pantaði þau.

Sá endingarmáttur breytir hagsmunum sérhverrar venjulegrar gagnaákvörðunar. Geymsla er ekki spurning um að halda tölu fram að næsta tíma; hún er varsla ævilangrar eignar sem verður að haldast læsileg og endurgreinanleg í áratugi. Samþykki er ekki einskipta merki á beiðnieyðublaði; það verður að sjá fyrir notkunum og niðurstöðum sem hvorki klínískur starfsmaður né sjúklingur geta fullkomlega séð fyrir. Aðgangsstýring snýst ekki bara um þennan sjúkling, því erfðamengi varðar fólk sem aldrei gekk inn á stofu þína og aldrei samþykkti neitt.

Erfðamengis- og nákvæmnislæknisgögn bera líka sérstaka jafnræðisbyrði. Flest tilvísunar- og rannsóknarerfðamengi heimsins koma frá fólki af evrópskum uppruna, svo afbrigðatúlkun sem er örugg fyrir einn hóp getur verið óviss eða röng fyrir annan — hlutdrægni bökuð inn í gögnin sem engin góð ásetningur við rúmstokkinn leiðréttir (sjá Viðfangsefni 1.9 — Stafræn þátttaka og aðgengi). Og þar sem erfðamengi eru einkvæmlega auðkennandi er ómögulegt að gera þau sannarlega nafnlaus; loforðið „við fjarlægðum nafnið þitt“ heldur ekki fyrir röð sem er nafn þitt. Fáðu vinnuaðferðirnar rangar og þú lekur ekki bara skrá — þú rýrir almannatraustið sem allt fyrirtæki erfðamengislækninga veltur á (sjá Viðfangsefni 1.8 — Gagnasiðfræði, samþykki og almannatraust).

Lykilhugtök#

Erfðamengisfræði (genomics) er rannsókn á fullkomnu DNA-safni lífveru — erfðamengi hennar — þar með talið hvernig gen starfa, breytast og víxlverka, aðgreind frá erfðafræði, sem rannsakar klassískt stök gen. Nákvæmnislækningar (precision medicine, oft kallaðar persónumiðaðar lækningar) eru starfsvenjan að sníða forvarnir, greiningu og meðferð að einstaklingseinkennum hvers sjúklings — oft erfðamengissniði hans — frekar en að beita einni meðalreglu á alla. Erfðamengisfræði er ein helsta vél nákvæmnislækninga, en þetta tvennt er ekki samheiti: nákvæmni sækir einnig í önnur sameinda-, myndgreiningar- og lífsstílsgögn.

Heilerfðamengisraðgreining (WGS) les í raun allt þriggja milljarða basapara erfðamengið, ólíkt markspjöldum (handfylli gena) eða heilraðgreiningu útraða (próteinkóðandi hlutinn). WGS er gagnaþyngsti kosturinn: eitt raðgreint erfðamengi myndar um það bil hundrað gígabæt af hráum og unnum gögnum, svo landsáætlun mælir geymslu sína í petabætum og reikniafl sitt í þúsundum örgjörvatíma. Umfangið er það fyrsta sem gerir erfðamengisgögn að sérstöku verkfræðivandamáli, ekki enn einu rannsóknarstofustraumi.

Að breyta hráu röðun í klíníska merkingu er verk lífupplýsingafræði — reiknileiðslurnar sem stilla upp lestri, kalla afbrigði, sía, skýra og forgangsraða þeim fyrir mannlegan vísindamann til að túlka. Þær leiðslur eru háðar tilvísunarerfðamengi, stöðluðu samsetningu sem röð einstaklings er borin saman við; val og útgáfa þeirrar tilvísunar, og gagnagrunnarnir sem notaðir eru til að skýra afbrigði, hafa efnisleg áhrif á svarið. Erfðamengisniðurstaða er því ekki hrá staðreynd heldur afurð útgáfumerkts, sönnunargagnaháðs ferlis sem verður að vera endurgerðanlegt og endurskoðanlegt árum síðar.

Lyfjaerfðamengisfræði (pharmacogenomics) er grein nákvæmnislækninga sem snýst um hvernig erfðamengi manneskju hefur áhrif á svörun hennar við lyfjum — hvaða lyf munu virka, hver ekki og hver hætta á skaða við staðlaða skammta. Vel afhent setur hún arfgerðarstýrða viðvörun á ávísunarstaðinn svo klínískur starfsmaður forðist lyf sem sjúklingurinn getur ekki brotið örugglega niður (sjá Viðfangsefni 4.8 — Rafræn ávísun og lyfjastýring). Tveir eiginleikar til viðbótar skilgreina gagnategundina: tilfallandi læknisfræðilegar niðurstöður — klínískt marktækar uppgötvanir ótengdar ástæðu prófsins, eins og óvænt krabbameinsnæmisgen — og endurauðkenning gagna, sú staðreynd að erfðamengi er svo sérstætt að hægt er að tengja það aftur við einstakling jafnvel þótt nöfn séu fjarlægð, sem er hvers vegna venjuleg nafnleynd bregst.

Á Englandi er þetta afhent gegnum NHS Genomic Medicine Service, sem pantar landsnet svæðisbundinna Genomic Laboratory Hubs, og gegnum Genomics England, ríkiseigu fyrirtækið sem rak 100.000 erfðamengja verkefnið og heldur nú utan um National Genomic Research Library — stýrt rannsóknarúrræði byggt á samþykki þátttakenda. Staðlar koma frá stofnunum þar á meðal HL7 Fast Healthcare Interoperability Resources (FHIR), þar sem Genomics-vinnan leyfir niðurstöðum að færast milli rannsóknarstofu og skrár, og Global Alliance for Genomics and Health (GA4GH), sem setur alþjóðlega staðla um ábyrga miðlun erfðamengisgagna. Undir öllu liggur erfðafriðhelgi — reglan, og í vaxandi mæli lögin, að manneskja stýri aðgangi að eigin erfðaupplýsingum og fjölskylduafleiðingum þeirra.

Bestu starfsvenjur#

1. Meðhöndlaðu samþykki sem varanlegt, kvikt samband, ekki undirskrift. Þar sem erfðamengisgögn verða endurgreind og kunna að afhjúpa niðurstöður sem enginn sá fyrir getur einskipta samþykkiseyðublað ekki borið þungann. Taktu upp lagskipt eða kvikt samþykki sem skráir, á nákvæmu stigi, hverju manneskjan samþykkti — klínísk notkun, rannsóknarnotkun, endurtengsl vegna nýrra niðurstaðna, fjölskyldumiðlun — og leyfir henni að endurskoða þau val með tímanum. Líktu eftir fordæmi 100.000 erfðamengja, þar sem þátttakendur samþykktu skýrt að afpersónugreind gögn þeirra yrðu hluti af rannsóknarsafni, og gerðu samþykkisstöðu að fyrsta flokks, fyrirspurnarhæfum eiginleika skrárinnar frekar en skönnuðu PDF sem ekkert kerfi getur brugðist við (sjá Viðfangsefni 1.8 — Gagnasiðfræði, samþykki og almannatraust).

2. Verkfræðilegðu fyrir ævilanga vörslu og endurgreiningu, ekki einskipta skýrslugerð. Hannaðu geymslu og lýsigögn á þeirri forsendu að þetta erfðamengi verði endurtúlkað eftir tíu og tuttugu ár af fólki og leiðslum sem eru ekki enn til. Haltu ekki aðeins lokaskýrslunni heldur útgáfumerktu inntökunum — útgáfu tilvísunarerfðamengis, leiðsluútgáfu, útgáfum skýringagagnagrunna — svo hægt sé að endurgera niðurstöðu og endurgreining geti sagt hvað breyttist. Skipuleggðu geymsluhagfræðina heiðarlega: petabætastig, lagskipt svo köld skjalavistuð röð sé ódýr að geyma en sækjanleg, með sniðum og auðkennum völdum fyrir endingu frekar en þægindi birgis (sjá Viðfangsefni 4.0 — Tæknilegur arkitektúr, ský og arfakerfi).

3. Gerðu lífupplýsingaleiðsluna endurgerðanlega, staðfesta og útgáfustýrða. Erfðamengisniðurstaða er úttak hugbúnaðar, svo hugbúnaðurinn er klínískt tæki og verður að vera stýrður sem slíkt. Útgáfustýrðu leiðsluna, staðfestu hana gegn tilvísunarstöðlum og þekktum-sannleiks gagnasettum og skráðu fyrir sérhverja skýrslu nákvæmlega hvaða leiðsla og gagnagrunnar framleiddu hana. Þegar þú uppfærir tilvísunarútgáfu eða skýringaruppsprettu, meðhöndlaðu það sem breytingu með klínískum öryggisafleiðingum, því sömu hráu gögnin geta gefið annað kall undir annarri útgáfu (sjá Viðfangsefni 1.6 — Klínískt öryggi og áhættustýring).

4. Skilaðu niðurstöðum inn í EPR sem skipulögðum, framkvæmanlegum gögnum – ekki PDF. Erfðamengisniðurstaða skilar virði aðeins þegar rétti klíníski starfsmaðurinn sér hana á réttu augnabliki, sem þýðir að hún verður að ná rafrænu sjúkraskránni í reiknanlegu, staðlabyggðu formi. Notaðu HL7 FHIR Genomics og viðurkennd hugtakasöfn svo afbrigði, túlkun þess og klínísk ráðlegging séu stök gögn sem skráin getur brugðist við, frekar en skýrsla læst í skjali sem enginn getur spurt (sjá Viðfangsefni 4.6 — Rafrænar sjúkraskrár og klínísk kerfi, og Viðfangsefni 4.3 — Samvirkni og gagnastaðlar). Hannaðu fyrir langa halann líka: niðurstaða skráð í dag verður að haldast finnanleg og túlkanleg þegar hún verður viðeigandi árum síðar.

5. Afhentu lyfjaerfðamengisfræði á ávísunarstaðnum, ekki í skjalfestu bréfi. Arfgerð sem spáir hættulegri lyfjasvörun er gagnslaus ef hún situr í skýrslu meðan ávísandi skrifar lyfseðilinn ómeðvitaður. Samþættu lyfjaerfðamengisniðurstöður inn í rafræna ávísunarkerfið svo arfgerðarstýrð viðvörun kvikni þegar viðeigandi lyf er pantað, með skýrri, óþreytandi leiðsögn sem ávísandi getur brugðist við (sjá Viðfangsefni 4.8 — Rafræn ávísun og lyfjastýring, og Viðfangsefni 4.7 — Klínískur ákvörðunarstuðningur og klínísk upplýsingafræði). Þar sem arfgerðin er ævilöng, hannaðu viðvörunina til að þrauka yfir umhverfi og tilvik, svo niðurstaða mynduð í krabbameinslækningum verndi sjúklinginn árum síðar í grunnþjónustu.

6. Skipuleggðu tilfallandi og aukaniðurstöður áður en þú raðgreinir, ekki eftir. Heilerfðamengisraðgreining mun stundum afhjúpa eitthvað klínískt mikilvægt og algerlega ótengt ástæðu prófsins, svo ákveddu fyrirfram hvað þú leitar að, hvað þú tilkynnir og hvernig sjúklingurinn valdi að vera látinn vita. Samræmdu stefnuna við samþykkisval manneskjunnar, veittu erfðaráðgjafarleiðina til að afhenda alvarlega óvænta niðurstöðu mannúðlega og tryggðu að rekstrarvinnuflæðið — hver hefur samband við hvern, og hvenær — sé í raun til. Að spinna þetta eftir að niðurstaða kemur fram er hvernig sjúklingar verða fyrir skaða af góðum fréttum illa meðhöndluðum.

7. Horfstu í augu við hlutdrægni tilvísunargagna sem öryggis- og jafnræðismál. Þegar tilvísunar- og afbrigðagagnagrunnar vanfulltrúa þýði er túlkun fyrir fólk af þeim uppruna óvissari og villuhættari — afbrigði af óvissri þýðingu fyrir einn hóp kann að vera örugglega góðkynja fyrir annan aðeins því gögnin eru til. Raktu uppruna fjölbreytni gagnasettanna sem túlkun þín reiðir sig á, vertu skýr við klíníska starfsmenn um hvar öryggi er minna og styddu viðleitni til að byggja dæmigerðari tilvísunargögn frekar en að meðhöndla evrópumiðaðan grunn sem almennan (sjá Viðfangsefni 1.9 — Stafræn þátttaka og aðgengi). Jafnræði hér er ekki mjúkur metnaður; ódæmigerð tilvísun framleiðir mælanlega verri umönnun.

8. Stýrðu erfðamengisgögnum sem fjölskyldutengdum, endurauðkennanlegum og sérstaklega viðkvæmum. Erfðamengi verður ekki sannarlega nafnlaust og það varðar blóðskylda ættingja sem aldrei samþykktu, svo venjuleg upplýsingastjórnarháttasjálfgefin gildi duga ekki. Beittu sterkum aðgangsstýringum, tilgangstakmörkun og fullri endurskoðanleika; beindu rannsóknaraðgangi gegnum örugg gagnaumhverfi þar sem gögn eru greind á staðnum frekar en afrituð út (sjá Viðfangsefni 4.10 — Öruggt gagnaumhverfi og aðgangur að rannsóknargögnum); og vinndu gegnum fjölskylduspurningarnar — hvenær má upplýsa ættingja um sameiginlega áhættu, og hvernig — með Caldicott-forráðamanni þínum og siðfræðistuðningi (sjá Viðfangsefni 1.7 — Upplýsingastjórnarhættir, gagnavernd og netöryggi). Taktu upp GA4GH staðla fyrir öll gögn sem miðlað er yfir skipulags- eða landamörk svo ábyrg miðlun sé innbyggð, ekki fest á.

Spurningar til að ræða með teyminu#

1. Hvað merkir „samþykki“ í raun fyrir gögn sem við munum endurgreina það sem eftir er af ævi sjúklings – og geta kerfi okkar brugðist við valinu sem fólk gerði? Þetta skiptir máli því erfðamengissamþykkið sem sjúklingur gefur í dag verður að stýra notkunum og niðurstöðum sem hvorugt ykkar getur séð fyrir, og skönnuð eyðublöð er ekki eitthvað sem ávísunarkerfi eða rannsóknarleiðsla getur framfylgt. Þrætið um hvort samþykkislíkan ykkar er ósvikið kvikt — getur sjúklingur skipt um skoðun varðandi endurtengsl eða rannsóknarnotkun, og breiðist sú breyting út til hvers kerfis sem treystir á hana? Dragið fram spennuna milli víðs samþykkis, sem gerir rannsóknir og framtíðarávinning mögulega, og sértæks samþykkis, sem virðir sjálfræði en getur fryst gögn út úr notkunum sem myndu hjálpa sjúklingnum og öðrum. Íhugið fordæmi 100.000 erfðamengja og National Genomic Research Library, þar sem skýrt, lagskipt samþykki undirbyggði almannatraust á rannsóknarúrræði. Gott, heiðarlegt svar viðurkennir hvar samþykki er í dag óspyrjanlegt skjal frekar en lifandi eiginleiki, og skuldbindur sig til að gera samþykkisstöðu eitthvað sem kerfi geta lesið og virt, ekki bara eitthvað sem skjalaskápur heldur.

2. Þegar heilerfðamengisraðgreining afhjúpar eitthvað sem við vorum ekki að leita að, hvað munum við gera – og höfum við smíðað leiðina áður en niðurstaðan berst? Tilfallandi og aukaniðurstöður eru ekki jaðartilfelli; í erfðamengisstærð eru þær fyrirsjáanlegur flokkur niðurstöðu, og skaðinn kemur af að meðhöndla þær án áætlunar. Ræðið hverju skipulagsheild ykkar mun leita virkt að og tilkynna, hvernig það samræmist því sem hver sjúklingur samþykkti að heyra og hver er ábyrgur fyrir að afhenda alvarlega óvænta niðurstöðu — krabbameinsnæmisgen, til dæmis — með erfðaráðgjöfinni sem hún krefst. Kannið rekstrarveruleikann: er vinnuflæðið til að hafa samband við sjúkling, bjóða ráðgjöf og íhuga óprófaða ættingja í raun til og með getu, eða er það stefnugrein án teymis að baki? Íhugið fjölskylduvíddina, þar sem niðurstaðan varðar ættingja sem eru ekki sjúklingar ykkar og samþykktu aldrei. Gott svar nefnir tilkynningarstefnuna, tengir hana við samþykki og staðfestir að fjármögnuð ráðgjafar- og endurtengslaleið sé til frekar en að gera ráð fyrir að klínískir starfsmenn spinni mannúðlega undir þrýstingi.

3. Hvers erfðamengi undirbyggja túlkanir okkar – og hvar er sú hlutdrægni að gera niðurstöður okkar minna öruggar fyrir hluta þýðis okkar? Erfðamengistúlkun er aðeins jafn góð og tilvísunar- og afbrigðagagnagrunnarnir að baki henni, og þar sem þau eru yfirgnæfandi frá fólki af evrópskum uppruna er öryggi kerfisbundið minna fyrir aðra hópa — jafnræðisbil falið inni í því sem lítur út eins og hlutlæg vísindi. Þrætið um hvort teymi ykkar þekkja jafnvel uppruna samsetningu gagnasettanna sem leiðslur þeirra reiða sig á, og hvort klínískir starfsmenn eru látnir vita þegar niðurstaða er óvissari því undirliggjandi gögn eru þunn fyrir bakgrunn þess sjúklings. Dragið fram málamiðlunina milli þess að bregðast við bestu fáanlegu sönnunargögnum og að vera heiðarleg um að „besta fáanlegt“ er áreiðanlegra fyrir suma sjúklinga en aðra. Íhugið hvað skipulagsheild ykkar getur gert — frá staðbundnum gagnavenjum til að styðja landsviðleitni fyrir dæmigerðari tilvísunargögn — frekar en að meðhöndla skekktan grunn sem óbreytanlega staðreynd náttúrunnar. Gott svar neitar að meðhöndla tilvísunarhlutdrægni sem vandamál einhvers annars, gerir óvissuna sýnilega á þjónustustaðnum og nefnir áþreifanleg skref í átt að dæmigerðari gögnum.

4. Þegar við endurkeyrum erfðamengi eftir tíu ár, munum við geta endurgert niðurstöðu dagsins í dag og útskýrt hvað breyttist – og höfum við enn efni á að geyma gögnin? Erfðamengisniðurstaða er úttak útgáfumerkts hugbúnaðar sem keyrir gegn útgáfumerktum tilvísunar- og skýringagögnum, svo endurgreining er ekki aukaeiginleiki heldur allur tilgangur þess að halda röðinni ævilangt. Ræðið hvort leiðslur ykkar skrá, fyrir sérhverja skýrslu, tilvísunarútgáfu, leiðsluútgáfu og útgáfur skýringagagnagrunna sem framleiddu hana, því án þess uppruna getur endurgreining ekki greint ósvikna breytingu í þekkingu frá hljóðlátri breytingu í hugbúnaði. Dragið fram geymsluveruleikann að baki loforðinu: petabætastigsröð sem verður að haldast læsileg og sækjanleg í áratugi, á sniðum og auðkennum sem þið viljið ekki vera læst inn í, á kostnaði sem einhver verður að halda áfram að fjármagna löngu eftir upphaflega umönnunartilvikið. Kannið spennuna milli þess að eyða til að spara fé og að varðveita til að þjóna framtíð sjúklingsins, og milli sniða þægilegra fyrir birgi í dag og endingar á morgun. Gott svar meðhöndlar leiðsluna sem klínískt tæki sem er stýrt og útgáfustýrt, skipuleggur lagskipta geymsluhagfræði heiðarlega frekar en að gera ráð fyrir fjárlögum þessa árs og getur bent á raunverulegt tilfelli sem var endurgert eða endurgreint frekar en fræðilega getu.

5. Nær arfgerð sem spáir skaða í raun á skjá ávísandans á augnablikinu sem hann ávísar – eða situr hún í skjalfestri skýrslu? Lyfjaerfðamengisniðurstaða verndar sjúkling aðeins ef hún kviknar sem viðvörun þegar viðeigandi lyf er pantað, hugsanlega árum síðar og í annarri þjónustu en þeirri sem raðgreindi hann, svo samþættingin milli rannsóknarstofuniðurstöðunnar og rafræna ávísunarkerfisins er þar sem klíníska virðið er unnið eða tapað. Þrætið um hvort erfðamengisniðurstöður ykkar skila sér aftur í skrána sem stök, reiknanleg gögn með HL7 FHIR Genomics og viðurkenndum hugtakasöfnum, eða sem skjöl sem aðeins klínískur starfsmaður sem fer að leita mun nokkru sinni sjá. Horfist í augu við viðvörunarþreytu málamiðlunina beint: viðvörun sem kviknar of oft eða án skýrrar, framkvæmanlegrar leiðsagnar er afskrifuð, svo hönnunarspurningin er ekki bara hvort viðvörunin er til heldur hvort ávísendur treysta henni og bregðast við. Íhugið ævilanga, þverumhverfiskröfuna — arfgerð fundin í krabbameinslækningum þarf að halda áfram að vernda sjúklinginn í grunnþjónustu — sem flest niðurstöðuskilahönnun hunsar hljóðlega. Gott svar getur rakið leiðina frá kölluðu afbrigði til ákvörðunar ávísandans, nefnir hver á þá samþættingu og viðurkennir hvar niðurstöður berast enn sem ónothæf PDF.

6. Erfðamengi varðar ættingja sem aldrei gengu inn á stofu okkar – hvernig stýrum við gögnum sem eru fjölskyldutengd og ómöguleg að gera sannarlega nafnlaus? Þar sem röð er einkvæmlega auðkennandi og að hluta sameiginleg foreldrum, börnum og systkinum manneskju, halda venjuleg upplýsingastjórnarháttasjálfgefin gildi byggð fyrir tilfallandi, nafnlausanleg skrár ekki, og „við fjarlægðum nafnið“ er fölsk fullvissa fyrir gögn sem eru sjálf auðkenni. Ræðið hvernig aðgangsstýringar ykkar, tilgangstakmörkun og endurskoðun virka í raun fyrir erfðamengisgögn, og hvort rannsóknaraðgangur greinir erfðamengi á staðnum gegnum öruggt gagnaumhverfi frekar en að afrita þau út þar sem stjórn tapast (sjá Viðfangsefni 4.10 — Öruggt gagnaumhverfi og aðgangur að rannsóknargögnum). Vinnið gegnum ósvikið erfiðu fjölskylduspurninguna: þegar niðurstaða afhjúpar alvarlega, framkvæmanlega áhættu sem óprófaðir ættingjar sjúklings bera líka, hver má fá að vita, á hvaða grunni og með hverra siðfræðiundirskrift. Dragið fram spennuna milli hagsmuna ættingja af að vita og stjórnar sjúklingsins á eigin upplýsingum, og veruleikann að Caldicott-forráðamaður ykkar og siðfræðistuðningur þurfa að hafa leyst þetta áður en tilfelli knýr það. Gott svar stýrir erfðamengisgögnum sem endurauðkennanlegum og fjölskyldutengdum sjálfgefið, beinir miðlun gegnum GA4GH staðla og örugg umhverfi og getur lýst fjölskylduafhjúpunarleiðinni frekar en að vona að ástandið komi aldrei upp.

Í reynd: dæmi úr heilbrigðis- og velferðarþjónustu#

Kingsbridge and Vale Genomic Laboratory Hub þjónar svæðisbundnu samþættu umönnunarkerfi og vinnur heilerfðamengis- og markspjaldaraðgreiningu fyrir sjúklinga með sjaldgæfa sjúkdóma og krabbamein yfir nokkrar samsteypur. Sögulega bárust skýrslur þess sem PDF-bréf skráð í rafræna sjúkraskrá hverrar samsteypu — læsileg klínískum starfsmanni sem fór að leita, ósýnileg hverju kerfi sem gæti brugðist við þeim. Þegar sjúklingi var ávísað algengu hjartalyfi í grunnþjónustu tveimur árum eftir sjúkrahússraðgreiningarpróf sá enginn skráðu skýrsluna sem sýndi að hann var lélegur niðurbrjótur, og sjúklingurinn varð fyrir forðanlegri aukaverkun. Stjórnin meðhöndlaði næstum-slysið sem það var: gagnaflæðisbilun, ekki klínísk.

Miðstöðin, ICS hennar og samsteypurnar kölluðu saman erfðamengisupplýsingafræðihóp með forstöðumanni rannsóknarstofu, yfirlækni klínískrar erfðafræði, yfirmanni klínískra upplýsinga, lyfjafræðingi og Caldicott-forráðamanni. Fyrsta ákvörðun þeirra var að hætta að senda PDF. Í samstarfi við EPR- og rafræna ávísunarbirgja samsteypanna færðu þau sig í að skila niðurstöðum sem skipulögðum gögnum með HL7 FHIR Genomics, svo afbrigði, túlkun þess og framkvæmanleg lyfjaerfðamengisráðlegging urðu stakir, reiknanlegir reitir. Arfgerðin lélegur niðurbrjótur situr nú í skránni sem gögn, og viðvörun kviknar við ávísun hvar sem í ICS sá sjúklingur er síðar sjáanlegur.

Hópurinn tók síðan á samþykki og geymslu. Þau skiptu út skannaða samþykkiseyðublaðinu fyrir skipulagða samþykkisskrá sem fangar, nákvæmlega, hvort hver sjúklingur samþykkti rannsóknarnotkun gegnum National Genomic Research Library, endurtengsl ef nýjar niðurstöður kæmu fram og fjölskyldumiðlun — og gerðu þá stöðu fyrirspurnarhæfa, svo endurgreiningarleiðsla gæti athugað hana áður en hún aðhefðist. Hrá röð var færð í lagskipta petabætageymslu sem hélt tilvísunarútgáfu og leiðsluútgáfu fyrir hvert tilfelli, svo hægt væri að endurgera eða endurgreina hverja niðurstöðu eftir því sem þekking fleygði fram. Rannsóknaraðgangi var beint gegnum öruggt gagnaumhverfi ICS, greinandi erfðamengi á staðnum frekar en að flytja þau út.

Tvennt var vísvitandi erfitt. Erfðafræðingurinn krafðist þess að stefna um tilfallandi niðurstöður væri samþykkt og fjármögnuð áður en WGS var skalað: skilgreindur listi yfir hvað yrði tilkynnt, samræmdur samþykki hvers sjúklings, með erfðaráðgjafarleið sem hafði í raun getu. Og hópurinn skráði, heiðarlega, að afbrigðatúlkun var óvissari fyrir umtalsverða suðurasíska og svarta hópa ICS því tilvísunargögn voru þynnri — svo skýrslur byrjuðu að flagga þessu minna öryggi skýrt, og ICS studdi svæðisbundna viðleitni til að fjölbreytnivæða tilvísunargögn. Ári síðar var sigurinn ekki tæki heldur agi: erfðamengisniðurstöður sem flæða, þrauka, virða samþykki og viðurkenna eigin takmarkanir.

Geirasjónarhorn#

Sprotafyrirtæki#

Erfðamengis- eða nákvæmnislæknissprotafyrirtæki — raðgreiningarþjónusta, afbrigðatúlkunartól eða lyfjaerfðamengisákvörðunarstuðningsvara — lifir eða deyr á trausti og staðlaupptöku. Smíðaðu að HL7 FHIR Genomics og GA4GH frá fyrstu útgáfu, því NHS Genomic Laboratory Hub eða samsteypa mun ekki samþætta vöru sem talar aðeins séreignarsnið, og að bæta stöðlum við síðar er dýrt. Vertu róttæklega skýr um samþykki, gagnabúsetu og endurauðkenningaráhættu, því ein mistök við meðhöndlun einkvæmlega viðkvæmra erfðamengisgagna geta endað trúverðugleika ungs fyrirtækis á einni nóttu. Aðgreining þín er ekki bara nákvæmni reiknirits heldur verjanleg, endurskoðanleg, endurgerðanleg leiðsla og heiðarleg frásögn af hvar túlkun þín er óvissari — þar með talið fyrir vanfulltrúa þýði.

Lítil fyrirtæki#

Rótgróinn lítill veitandi — heimilislæknastofa, samfélagsapótek, stakstaða stofa eða lítill greiningarbirgi — er neytandi erfðamengisniðurstaðna langtum oftar en framleiðandi þeirra, og áskorun hans er að bregðast við gögnum sem hann framleiddi ekki með nánast enga sérstaka upplýsingafræðigetu. Hagnýta forgangsatriðið er að lyfjaerfðamengis- og aðrar erfðamengisniðurstöður berist í klíníska kerfið sem skipulögð, framkvæmanleg gögn sem kveikja nothæfa viðvörun við ávísun, því lítið teymi getur ekki fylgst handvirkt með skráðum skýrslum eins og miðstöð getur. Krefstu þess að birgjar skili niðurstöðum um HL7 FHIR Genomics frekar en PDF sem þú hefur enga getu til að túlka eða slá inn aftur, og styddu þig við svæðisbundnu Genomic Laboratory Hub og landserfðaráðgjafarleiðir fyrir túlkun og stuðning við tilfallandi niðurstöður frekar en að reyna að byggja þá sérfræðiþekkingu innanhúss. Upplýsingastjórnarháttaskyldur um fjölskyldutengd, endurauðkennanleg gögn gilda enn að fullu jafnvel með einum hlutastarfs upplýsingastjórnarháttaleiðtoga, svo gerðu samþykkisstöðu sýnilega í skrá þinni og beindu hverri fyrirspurn sem þú getur ekki leyst til Caldicott-forráðamannafyrirkomulags þíns frekar en að spinna.

Stórfyrirtæki#

Stór NHS-sjúkrahússamsteypa, Genomic Laboratory Hub eða lyfjafyrirtæki starfar í þeirri stærð þar sem geymsla, túlkunarafköst og EPR-samþætting verða bindandi hömlur. Raunsæju forgangsatriðin eru skipulögð skil niðurstaðna inn í klínísk kerfi, staðfest og útgáfustýrð lífupplýsingaleiðsla, lagskipt petabætageymsla hönnuð fyrir áratugi endurgreiningar og lyfjaerfðamengisviðvaranir tengdar rafrænni ávísun (sjá Viðfangsefni 4.6 — Rafrænar sjúkraskrár og klínísk kerfi). Stjórnarhættir verða að spanna rannsóknarstofuna, klínísku þjónusturnar sem bregðast við niðurstöðum og upplýsingastjórnarháttafallið sem á fjölskyldu- og samþykkisspurningar. Í þessum mæli eru stærstu bilanirnar samþættingarbilanir — niðurstöður sem berast sem ónothæf skjöl — svo fjárfestu í samvirkni og samþykki-sem-gögn áður en þú eltir raðgreiningarmagn.

Hið opinbera#

Landsstofnun — NHS England Genomic Medicine Service, Genomics England eða jafngildi landshluta — mótar allt kerfið gegnum pantanir, staðla og sameiginlega innviði. Áhrifamáttur hennar er að skylda samvirk niðurstöðusnið, fjármagna tilvísunar- og rannsóknargagnainnviðina sem engin einstök samsteypa gæti byggt, reka samþykkis- og almenna þátttökulíkanið sem viðheldur lögmæti og gæta landsbundins rannsóknarsafns á skýru samþykki þátttakenda (sjá Viðfangsefni 9.2 — Alþjóðleg stafræn heilbrigðisþjónusta). Ríkisvaldið ber jafnræðisskylduna þyngst: aðeins aðgerðir á landsvísu geta marktækt fjölbreytnivætt tilvísunargagnasett svo erfðamengislækningar virki fyrir allt þýðið, ekki bara best fulltrúuðu hluta þess. Það heldur líka almannatraustssamkomulaginu — eitt áberandi brot eða samþykkishneyksli getur sett landsáætlun aftur um ár, svo gagnsæi og sterkir stjórnarhættir eru stefnumótandi nauðsynjar, ekki yfirbygging.

Algeng mistök#

• PDF-niðurstaðan sem ekkert kerfi getur lesið. Erfðamengisniðurstaða skráð sem skjal er ósýnileg ávísunar- og ákvörðunarstuðningskerfum, svo lífsbjargandi upplýsingar sitja ónotaðar þar til skaði verður. Skilaðu niðurstöðum sem skipulögðum, staðlabyggðum gögnum.
• Samþykki sem skönnuð eyðublöð. Ef samþykkisval er föst í óspyrjanlegri mynd getur hvorki leiðsla né klínískur starfsmaður virt það, og endurgreining og rannsóknir annaðhvort stöðvast eða ganga of langt. Gerðu samþykki að lifandi, nákvæmum, fyrirspurnarhæfum eiginleika.
• Raðgreining án leiðar fyrir tilfallandi niðurstöður. Að skala WGS áður en ákveðið er hvað á að tilkynna og byggt er fjármögnuð ráðgjafarleið breytir fyrirsjáanlegum niðurstöðum í kreppur meðhöndlaðar með spuna.
• Leiðsla sem þú getur ekki endurgert. Ef þú skráir ekki tilvísunarútgáfu, leiðsluútgáfu og skýringagagnagrunna geturðu hvorki endurgert niðurstöðu né skilið hvers vegna endurgreining breytti henni — klínískt öryggisbil dulbúið sem tæknilegt smáatriði.
• Nafnleyndarleikhús. Að meðhöndla erfðamengi sem nafnleyndanlegt hunsar að það er einkvæmlega auðkennandi; „við fjarlægðum nafnið“ er fölsk fullvissa. Stýrðu fyrir endurauðkennanleika og greindu í öruggum umhverfum.
• Evrópumiðuð tilvísun meðhöndluð sem almenn. Að túlka erfðamengi allra gegn ódæmigerðum gögnum framleiðir hljóðlega verri umönnun fyrir vanfulltrúa hópa. Raktu fjölbreytni, flaggaðu minna öryggi og styddu betri gögn.
• Geymsla skipulögð fyrir ár, ekki ævi. Erfðamengisgögn sem verða ólæsileg eða óviðráðanleg að varðveita bregðast sjúklingnum áratugum síðar þegar það loks skiptir máli. Skipuleggðu lagskipta, endingargóða, áratuga langa vörslu.

Þroskalíkan#

Gátlisti#

• Erfðamengissamþykki er fangað nákvæmlega (klínísk notkun, rannsóknir, endurtengsl, fjölskyldumiðlun) og geymt sem fyrirspurnarhæfur eiginleiki sem kerfi geta brugðist við.
• Niðurstöður berast inn í EPR sem skipulögð, staðlabyggð gögn (HL7 FHIR Genomics), ekki PDF.
• Lyfjaerfðamengisniðurstöður kveikja arfgerðarstýrðar viðvaranir á ávísunarstaðnum, þrautandi yfir umhverfi.
• Lífupplýsingaleiðslan er útgáfustýrð og staðfest, og hver skýrsla skráir tilvísunarútgáfu sína, leiðsluútgáfu og skýringagagnagrunna.
• Geymsla er lagskipt, endingargóð og stærðuð fyrir áratuga endurgreiningu, með uppruna varðveittan fyrir endurgerðanleika.
• Stefna um tilfallandi og aukaniðurstöður er samþykkt, samræmd samþykki og studd af fjármagnaðri erfðaráðgjafarleið.
• Uppruna-fjölbreytni túlkunargagnasetta er rakin, og minna öryggi er flaggað til klínískra starfsmanna á þjónustustaðnum.
• Erfðamengisgögn eru stýrð sem endurauðkennanleg og fjölskyldutengd: sterkar aðgangsstýringar, full endurskoðun og rannsóknaraðgangur um örugg gagnaumhverfi.
• Fjölskylduafhjúpunarspurningar eru unnar með Caldicott-forráðamanni og siðfræðistuðningi.
• Gagnamiðlun yfir mörk fylgir GA4GH stöðlum.

Helstu heimildir#

• NHS England — NHS Genomic Medicine Service og landsnet Genomic Laboratory Hubs; pantanir og National Genomic Test Directory.
• Genomics England — 100,000 Genomes Project og National Genomic Research Library, þar með talið samþykkis- og þátttökulíkan þess.
• Global Alliance for Genomics and Health (GA4GH) — alþjóðlegir staðlar og rammar fyrir ábyrga miðlun erfðamengisgagna.
• HL7 — FHIR Genomics útfærsluleiðbeiningar til að skiptast á erfðamengisniðurstöðum við klínísk kerfi.
• Topol Review — Preparing the healthcare workforce to deliver the digital future (erfðamengisfræði sem drifkraftur stafrænnar umbreytingar).
• Caldicott-reglurnar — upplýsingastjórnarháttareglur um notkun trúnaðarupplýsinga í heilbrigðis- og velferðarþjónustu.
• NICE — Evidence Standards Framework for Digital Health Technologies til að meta erfðamengis- og nákvæmnislæknistól.

Tilvísanir#

1. Genomics — Wikipedia — https://en.wikipedia.org/wiki/Genomics
2. Personalized medicine — Wikipedia — https://en.wikipedia.org/wiki/Personalized_medicine
3. Whole genome sequencing — Wikipedia — https://en.wikipedia.org/wiki/Whole_genome_sequencing
4. Bioinformatics — Wikipedia — https://en.wikipedia.org/wiki/Bioinformatics
5. Reference genome — Wikipedia — https://en.wikipedia.org/wiki/Reference_genome
6. Pharmacogenomics — Wikipedia — https://en.wikipedia.org/wiki/Pharmacogenomics
7. Incidental medical findings — Wikipedia — https://en.wikipedia.org/wiki/Incidental_medical_findings
8. Data re-identification — Wikipedia — https://en.wikipedia.org/wiki/Data_re-identification
9. Genomics England — Wikipedia — https://en.wikipedia.org/wiki/Genomics_England
10. 100,000 Genomes Project — Wikipedia — https://en.wikipedia.org/wiki/100,000_Genomes_Project
11. Fast Healthcare Interoperability Resources — Wikipedia — https://en.wikipedia.org/wiki/Fast_Healthcare_Interoperability_Resources
12. Global Alliance for Genomics and Health — Wikipedia — https://en.wikipedia.org/wiki/Global_Alliance_for_Genomics_and_Health
13. Genetic privacy — Wikipedia — https://en.wikipedia.org/wiki/Genetic_privacy
14. NHS England — NHS Genomic Medicine Service — NHS England — https://www.england.nhs.uk/genomics/
15. Genomics England — 100,000 Genomes Project and the National Genomic Research Library — Genomics England — https://www.genomicsengland.co.uk/
16. Global Alliance for Genomics and Health — Standards and frameworks for genomic data sharing — GA4GH — https://www.ga4gh.org/
17. HL7 International — FHIR Genomics implementation guidance — HL7 — https://www.hl7.org/fhir/genomics.html
18. Health Education England / NHS — The Topol Review: Preparing the healthcare workforce to deliver the digital future — NHS — https://topol.hee.nhs.uk/